一、团队简介
本团队现有成员10多名，其中包括教授2人、副教授6人，讲师2人，研究生若干名。
本团队聚焦“健康中国”国家战略和“精准医疗”大科学计划，积极对接山东省十强产业的“新一代信息技术”和“医养健康”两大产业，瞄准健康大数据，特别是疾病遗传与临床大数据的智能计算相关理论、算法和软件的研究，以更好的服务山东省新旧动能转换重大工程，尤其是鲁南地区、日照和济宁的大健康产业布局，努力实现经济和社会效益双赢的团队目标。本团队的学科方向主要包括人工智能、大数据挖掘、智能信息处理、生物信息学、脑影像挖掘。团队主要定位于利用人工智能和数据挖掘方法在生命与健康方面的重大研究，包括海量生物测序数据的处理、分析、筛选与辨识，生物小分子与疾病关联性分析，脑影像组学与疾病的关联分析，探讨生物的生长发育、基因调控、基因功能、疾病诊疗等重要的生物机制，以满足当前社会的紧迫需求。目前的科研工作主要包括：
（1）大数据分析与挖掘；
（2）生物小分子与疾病的全基因组关联研究；
（3）脑影像组学数据及脑电信号的分析；
（4）蛋白质相互作用的研究；
（5）差异表达基因的筛选与分析；
（6）人工智能优化方法的研究。
近几年，主持国家自然科学基金项目10余项、省自然科学基金10余项。在国内外重要期刊发表包括IEEE Trans.、 Bioinformatics、BMC等在内的论文200余篇。
二、取得的成果
近几年团队已取得了丰硕的研究成果。
（1）大数据分析与机器学习研究方面：大数据分析具有数据量大、维数高、查询和分析复杂等特点。大数据理论和机器学习理论是生物信息学领域重要的支撑技术。对这些理论和应用做了深入的研究，提出了启发式的机器学习方法，对神经网络、RBF、支持向量机等做了深入的理论研究，并将这些方法应用到大数据和生物测序数据分析领域，取得了一些突出成果并发表在国内外高水平期刊上。
（2）基因与人类健康的关联性分析方面：开展了全基因组互作模式识别方法的性能比较研究，设计了复杂疾病互作病因仿真软件epiSIM，分别基于信息熵、蚁群算法、微粒群算法、压缩感知等理论设计了多种互作模式识别方法EpiMiner、AntMiner、IOBLPSO、PSOMiner和CSMiner，开发了基因互作可视化软件CINOEDV。这些方法已发表在高水平期刊和会议上。
（3）差异表达基因的筛选与分析方面：提出了改进主成分分析、惩罚性矩阵分解、基于核正交变换的癌症诊断等方法，与传统方法相比，将这些方法用于差异表达基因的筛选，可以筛选出更准确的差异基因，并在乳腺癌等致癌基因筛选与植物基因筛选上得到了验证。这些方法已发表在高水平的期刊上。
（4）基因的表达调控方法：以预测重构基因调控网络为主题，基于不同类型的生物数据，对基因调控网络的结构学习与参数辨识进行了深入的研究和分析。提出了基于无时序芯片表达数据的癌症基因调控网络功能模块构建方法，在很大程度上提高了癌症特征基因的筛选效率。
（5）蛋白质相互作用方面：利用机器学习方法对蛋白质相互作用和功能进行研究。提出了利用基因邻接和基因融合进行蛋白质功能的预测方法；利用网络的思想，提出了基于网络比较的蛋白质相互作用的识别方法。
三、团队主要成员简介
（1）刘金星，工学博士，教授，博士生导师。中国计算机学会高级会员、中国人工智能学会会员、中国自动化学会会员、IEEE会员、ACM会员，济宁市自然科学学科带头人。先后主持国家自然科学基金3项、中国博士后科学基金（一等资助）2项、省部级课题5项。在IEEE/ACM Trans.、BMC系列会刊等国内外重要学术刊物与国际会议上发表论文150余篇，其中100余篇被SCI检索。以首位人员先后获山东省高等学校优秀科研成果（一等奖、三等奖）、淮海科学技术奖（三等奖）和山东省自然科学学术创新奖（三等奖）等，获山东省优秀研究生指导教师。指导研究生获山东省研究生优秀科技创新成果奖（一等奖、二等奖、三等奖）、山东省优秀硕士学位论文（3篇次）、山东省优秀毕业生（9人次）等。主要研究方向：大数据挖掘、人工智能、模式识别、生物信息学、脑影像分析。
（2）尚军亮，工学博士，教授，硕士生导师，计算机学院副院长。中国计算机学会生物信息学专业委员会委员，中国自动化学会智能健康与生物信息专委会委员，中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专委会委员，中国人工智能学会会员，山东省人工智能学会会员，IEEE会员。《Frontiers in Bioinformatics》栏目副主编。2007年、2010年和2013年分获西安电子科技大学计算机科学与技术工学学士学位、计算机应用技术工学硕士学位和计算机应用技术工学博士学位。主持国家自然科学基金面上项目、国家自然科学基金青年科学基金、中国博士后科学基金、山东省优秀中青年科学家科研奖励基金、中央高校基本科研业务费专项资金等十余项。在国内外重要学术刊物与国际会议发表论文近百篇，其中SCI检索论文80余篇。2014年获山东省自然科学学术创新奖三等奖，2015年获山东省高等学校优秀科研成果奖三等奖，2019年获山东省高等学校科学技术奖三等奖，2020年获淮海科学技术奖三等奖，2021年获山东省研究生优秀成果奖三等奖（指导老师），2022年获山东省研究生教学成果一等奖1项、山东省省级教学成果二等奖1项。2022年获CBC2021最佳论文奖。2021年获“金课堂”《Python程序设计》。2021年承担山东省研究生教育优质课程《智能信息处理》。2019年荣获曲阜师范大学研究生教育先进工作者，2021年荣获曲阜师范大学抗疫先进个人。研究方向：复杂数据挖掘、智能计算、生物信息学。
（3）王娟，工学硕士，副教授，硕士生导师。2003年毕业于山东大学，获工学硕士学位。中国计算机学会会员，中国计算机学会生物信息学专业委员会委员。主持国家自然科学基金面上项目1项，主持省部级项目1项。近年来在IEEE/ACM Trans. 、BMC等国内外重要学术期刊发表学术论文30余篇，其中20多篇被SCI检索。以首位人员获山东省高等学校优秀科研成果奖二等奖一项、市优秀科研成果奖三等奖一项。2020年被评为校优秀研究生指导教师。2021年指导学生获全国研究生数学建模比赛二等奖一项。主要研究方向：生物信息学、智能信息处理。
（4）袁莎莎，工学博士，副教授，硕士生导师。中国计算机学会会员，IEEE会员。2011年及2016年于山东大学获得工学学士学位和工学博士学位。主持国家自然科学基金1项和山东省自然科学基金1项，并参与国家自然科学基金青年及面上项目4项。已在International journal of neural systems，Medical & Biological Engineering & Computing等国内外重要学术期刊发表SCI或EI收录论文30余篇。曾获博士研究生国家奖学金，山东省省级优秀毕业生，曲阜师范大学青年教师讲课比赛校三等奖。研究方向：生物医学信息处理及应用、模式识别与机器学习。
（5）代凌云，工学硕士，副教授，硕士研究生导师。中国计算机协会生物信息专委会委员。主持国家自然科学基金青年基金项目1项，参与国家自然科学基金青年基金项目1项，山东省高等学校科技计划项目1项。已在计算机领域的高水平期刊和国际会议上发表论文10余篇，参编教材1部。申请国家发明专利2项，已授权国家发明专利1项，软件著作权1项。获淮海科学技术三等奖1项。指导全国大学生数学建模竞赛获省级奖20余项。研究方向：生物信息学和数据挖掘。
（6）孔祥真，工学硕士，副教授，硕士生导师。2008年获曲阜师范大学自动化研究所控制理论与控制工程专业硕士学位。主持国家自然科学基金青年基金项目1项、山东省高等学校科技计划项目1项。作为课题组成员参与国家自然科学基金3项，省级项目2项。获山东省高等学校优秀科研成果一等奖1项。在国内外学术期刊和国际会议上发表学术论文20余篇。参编教材1部。目前研究方向为：生物信息学、智能信息处理、数据挖掘。
（7）朱荣，博士，副教授，硕士生导师。CCF会员、IEEE会员。2019年获中南大学计算科学与技术专业博士学位。已主持山东省社科规划重点项目、山东省高等学校科技计划项目及横向课题各1项，参与国家级课题及省部级课题5项。获山东省高等学校科学技术奖一等奖、山东省高等学校科学技术奖三等奖、曲阜师范大学教学奖及教学成果奖各1项。主编出版教材《Python与大数据分析应用》及《计算机动画实例教程》，参编出版教材五部。已在《电子学报》、《BMC Bioinformatics》、《Optik》、《Journal of Computers》、《中国远程教育》等国内外核心学术期刊及国际学术会议上发表论文30余篇，SCI或EI收录近20篇。申请国家发明专利2项，已授权国家发明专利1项。目前的研究方向为：生物信息学、数字图像处理（图像增强、图像分割、图像分类）及量子关联成像。
（8）李凤，工学博士，副教授，硕士生导师。2018年获西安电子科技大学计算机应用技术专业博士学位。主持国家自然科学基金青年基金1项，并参与国家自然科学基金重大研究计划1项、国家自然基金重点项目1项、国家自然科学基金面上项目3项等。已在IEEE/ACM TCBB、Bioinformatics、BMC Bioinformatics等SCI杂志发表论文20余篇。研究方向：数据挖掘、智能技术、计算生物信息学。
（9）关博馨，博士，副教授，硕士生导师。2022年1月毕业于东北大学，获计算机系统结构专业工学博士学位。攻读博士研究生期间参与国家自然科学基金项目2项；以第一作者在IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics、Knowledge-Based Systems、Information Sciences、Expert Systems with Applications等期刊上发表SCI论文12篇；曾获博士研究生国家奖学金（2次）、东北大学卓越博士奖学金、东北大学优秀研究生（2次）。目前研究方向为：生物信息学、智能信息处理、数据挖掘。
